La diosa Athena que gobierna en paz la Tierra, continúa la batalla contra los dioses que intentan la supremacía sobre este mundo. Los Santos pelean para proteger a Athena de los dioses malignos mediante el uso del cosmos, la energía de sus cuerpos usan una cloth que pertenecen a sus constelaciones protectoras.
Años después de la era de Saint Seiya. Marte (Ares) el dios de la Guerra desciende a la Tierra con la intención de instaurar un nuevo orden y gobernar así el Planeta, Athena y el bebé Koga están en peligro. Seiya Primer Santo Legendario, ahora que es Santo Dorado de Sagitario aparece para luchar, salvando a Athena y al infante Kōga.
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Kōga está preocupado por la desaparición de Athena y se encuentra frustrado por su fracaso en protegerla a ella y a su mentora Shaina. Kōga está decidido a dominar su Cosmos para rescatar a su diosa.
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Kōga y Sōma llegan a Palestra, un sitio de entrenamiento de los Santos. Aparece Geki de Osa Mayor, quien es ahora maestro de Sōma, siendo recibidos por santos aprendices que los miran con hostilidad.
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Kōga conoce al Santo de Bronce Ryūhō de Dragón, hijo del Segundo Santo Legendario Shiryu de Dragón. Ryūhō se muestra como una persona bondadosa ante todos en el Palestra,
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Los aprendices de caballeros son llevados hasta un bosque a manera de entrenamiento, donde son organizados por parejas (Kōga y Sōma; Yuna y Ryuhō) que en el camino encuentran obstáculos (elementos opuestos a los que manejan), teniendo que superarlos.
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Kōga se enfrenta a Hook de Circinus quien posee el elemento de tierra y tiene arrinconado a Kōga hasta que enciende su cosmos y logra derrotarlo, al mismo tiempo Sōma logra vencer a su adversario y Eden de Orion vence a Dali de Corona Borealis con un solo golpe.
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El torneo de los caballeros continúa, Kōga entrena en la noche y recuerda como hizo lazos con sus amigos, de pronto se acerca Geki recordando como fue vencido por el cosmos de Seiya.
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Kōga siente un cosmos, cree que es del Athena y va corriendo hacia donde se encuentra ella, llevándose la sorpresa de que es una temerosa chica que Ionia de Capricoprnio revela como la verdadera Diosa Athena y también revelándole al Caballero su lealtad hacia Marte.
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Kōga conoce a Haruto en la celda, este se muestra como el Santo del Lobo, ambos logran escapar de prisión, para encontrarse con una Palestra sumida en la oscuridad
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Los jóvenes Caballeros de Bronce entran a la Torre de Babel, Kōga va para rescatar a la joven declarada como Athena, cual su verdadero nombre es Aria. Los Caballeros tratan de escapar junto con Aria pero aparece otro Caballero Dorado llamado Mycenas de Leo
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